Để có một máy lọc nước RO hoạt động ổn định, với lưu lượng đều đặn, việc rửa màng định kỳ là rất cần thiết.
 
 Các nguyên tắc quan trọng trong việc rửa màng R/O:

1. Hãy rửa màng khi lưu lượng nước giảm không quá 20%. Khi lưu lượng nước hụt quá tỉ lệ trên, việc xử lý đóng cặn trên màng khó hơn nhiều.

2. Xác định các nguyên nhân gây tắc:

có hai nhóm nguyên nhân gây tắc chính:

a/ Nhóm ion kim loại, oxide kim loại và chất rắn hòa tan

b/ Nhóm vi sinh: vi khuẩn, rêu tảo...

3. Nguyên tắc đánh bật cáu cặn:

Với nhóm a, dùng axit (không dùng các nhóm gốc Clo) hòa vào nước tinh khiết, dùng bút đo PH sao cho PH không thấp hơn 2.5. Ngâm màng trong dung dịch này 1h, sau đó lắp vào bơm tuần hoàn, chạy trong vòng 1h.

Với nhóm b, dùng kiềm (vd: NaOH) hòa tan vào nước, PH không vượt quá 11. Ngâm màng trong dung dịch 1h, sau đó lắp vào bơm tuần hoàn, chạy trong vòng 1h.

Có thể xử lý nhóm a trước, hoặc nhóm b trước. Nhưng giữa hai lần này, phải rửa màng thật sạch bằng nước tinh khiết trong vòng 30 phút (bơm tuần hoàn), nhằm tránh việc axit, bazo phản ứng trên mặt màng.

Đối với một số trường hợp không dùng cho nước uống, người ta còn dùng xà phòng để ngâm, và rửa màng RO.