Máy nước nóng năng lượng mặt trời vận hành nhờ ánh sáng mặt trời và là một máy nước nóng tổng dùng cho cả hệ thống nên khi lắp đặt cũng cần có những lưu ý nhất định để đảm bảo hiệu quả và tính tiện dụng.

Lắp đặt máy nước nóng năng lượng mặt trời cần tuân thủ nghiêm ngặt những nguyên tắc sau để đảm bảo hiệu suất hấp thụ nhiệt tốt nhất .
1. Lưu ý bố trí nguồn nước cấp cho máy nước nóng năng lượng mặt trời. Với nhà mái bằng có dùng bồn nước lạnh lớn để trên trần thì xây trụ gạch hoặc làm khung sắt nâng bồn thêm 50-80cm sao cho đỉnh bồn đạt chừng 1,8m trở lên so với mặt sàn (tuy nhiên khống chế độ cao không được vượt quá 4m), với cách đấu theo kiểu bình thông nhau, nước sẽ luôn bổ sung tự động cho máy năng lượng mỗi khi dùng. Với nhà mái nghiêng do không thể đưa cả bồn lớn lên đỉnh nên cần lắp thêm bồn nước phụ có dung tích nhỏ đặt ngay trên thân máy năng lượng, nước trong bồn phụ khi vơi đi sẽ được tự động bơm lên, đầy sẽ có cơ chế tự ngắt. Riêng trường hợp có trang bị bộ điều khiển thông minh, do được kiểm soát cấp nước bằng van điện tử nên có thể nâng bồn theo cách thông thường hoặc cho phép dùng bơm trực tiếp cấp nước vào mà không cần tới bình nước phụ.
 
2. Hướng đặt máy nước nóng năng lượng mặt trời hiệu quả nhất là theo hướng chính nam và được đặt tại nơi thoáng nắng - cho phép nhận nắng cả ngày. Vì một lý do kỹ thuật nào như địa hình hẹp không thể đặt đúng hướng, bị nhà khác cao hơn che khuất nắng một vài thời điểm trong ngày thì khả năng làm nóng sẽ bị ảnh hưởng tương ứng với thời lượng nắng mất đi.
 
3. Đường cấp nước lạnh có thể sử dụng bất kỳ loại ống nào (ống tiền phong, ống nhựa nhôm, ống PPR...) nhưng đường ống nóng ra nên sử dụng duy nhất ống chịu nhiệt PPR để đảm bảo giữ nhiệt và không bị hỏng về lâu dài. Một số hãng hiện nay vẫn thường khuyến mại khách hàng ống nhựa nhôm với lợi thế là tiện lắp nối được nhanh chóng nhưng chỉ coi là tạm chấp nhận được với những loại máy có khả năng làm nóng kém, nước nóng chỉ nóng tối đa 70oC thì ống còn chịu được, còn với với loại máy làm nóng, nhiệt độ nước có thể lên tới 95oC thì ống không đảm bảo sẽ nhanh chóng bị hỏng, cong mềm và rò rỉ. Cũng cần lưu ý tới yếu tố an toàn vệ sinh bởi các ống rẻ tiền thường làm bằng vật liệu không tốt, khi dùng cho nước nóng có thể tan một phần nhựa vào trong nước ảnh hưởng đến sức khỏe người dùng.
 
4. Trên đường cấp nước vào cần có lắp van 1 chiều để nước nóng làm ra không bị thất thoát chảy ngược về bồn nước lạnh theo nguyên tắc bình thông nhau.
 
5. Khi lắp máy nước nóng năng lượng mặt trời nhất thiết phải làm 1 đường ống thông hơi cho máy. Ống thông hơi cũng phải làm bằng ống nhựa chịu nhiệt PPR. Chiều cao ống phải vượt quá đỉnh của bồn cấp nước lạnh để nước không bị trào ra. Nếu bịt kín ống thông hơi thì nước sẽ không chảy xuống được và do tác sự dãn nở thể tích của nước nóng sinh ra áp suất có thể sẽ gây bục hỏng thiết bị.
 
6. Một khi nhà đã trang bị máy nước nóng năng lượng mặt trời  thì nên hạn chế lắp thêm các bình nóng lạnh điện, không những giảm bớt chi phí đầu tư mà còn giúp cao hiệu quả sử dụng nước nóng. Bởi nếu nước nóng phải chạy qua bình điện rồi mới tới vòi nước thì sẽ phải hòa trộn cùng với nước nguội còn trong đó (20-30 lít/ bình) khiến nước xả ra ban đầu là phần nước trộn - kém nóng, gây lãng phí năng lượng, lãng phí nước lại phải mất thời gian chờ đợi nước nóng. Giải pháp hữu hiệu nhất hạn chế nhược điểm này là sử dụng cơ chế 2 van đóng/mở để thông thường cho nước nóng chảy trực tiếp từ máy năng lượng tới vòi, chỉ riêng một ít ngày trời mưa mà rét quá mới cần đun hỗ trợ thì sẽ chuyển đổi van để dẫn nước âm ấm mà máy năng lượng mặt trời làm được vào đun thêm trong bình điện rồi ra vòi